Nació en Chivilcoy, provincia de Buenos Aires, el 10 de julio de 1856. Sus padres, Carlos Augusto Krause y Leopoldina Paschassius, inmigrantes alemanes que llegaron al país en 1851, tuvieron otros cuatro hijos: Elisa, Julio y los mellizos Domingo y Faustino.
Desde chico, Otto Krause se interesó por las tareas rurales, actividad en la cual su padre 
implementó importantes avances tecnológicos. En el año 1870 su familia se radicó en Buenos Aires y allí ingresó al Colegio Nacional Central. Una vez terminados los estudios secundarios, en 1874, ingresó a la Escuela de Ingeniería de la Facultad de Ciencias Físico Matemáticas de Buenos Aires y a fines de ese año se incorporó con el grado de Alférez en el Ministerio de Guerra y Marina trabajando en la sección Ingenieros como ayudante.
En 1878, con tan sólo 23 años, concluyó sus estudios en ingeniería con las más altas calificaciones. Después de su graduación, fue profesor de Dibujo en la Escuela Normal de Profesores Nº 1 de la Capital Federal, cargo en el que implementó un sistema para la enseñanza de la técnica. Mientras daba clases, trabajó en las principales obras del sistema ferroviario como las de Ferrocarril Oeste, la prolongación del ferrocarril que unió Tucumán y Salta, y en los talleres ubicados en Once de Septiembre. Además dio forma a distintos proyectos y presentó una propuesta para la construcción del tren a La Plata, obra que luego dirigió.
Varios años después le encomiendan la cátedra de Máquinas a Vapor, Bombas y Grúas en la Escuela de Ingeniería de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales y fue profesor ad honorem de la cátedra «Teoría de los mecanismos y elementos de máquina».
Se lo conoce como el fundador de la primera escuela de enseñanza técnica de la Argentina en 1899. La misma Escuela de Educación Técnica N° 1 que hoy lleva su nombre y que desde 1909 funciona en el barrio de Monserrat, en pleno centro de la Ciudad de Buenos Aires, y con la que impulsó la creación de una gran cantidad de centros especializados en todas las provincias del país. Las primeras especialidades fueron Mecánica, Química y Construcciones; se agregó después Electricidad, y más tarde surgieron Computación y Electrónica.
Fue Director General de Enseñanza Industrial en 1909. Bajo su gestión se crearon las escuelas industriales de Rosario, Santa Fe, La Plata, Chivilcoy y 25 de Mayo.
Otto Krause falleció en Buenos Aires, el 14 de febrero de 1920. Su tumba permanece en la provincia de Misiones, muy cerca de las ruinas de Santa Ana. Una fundación que lleva su nombre, con egresados de todas las promociones de la primera escuela técnica de país, continúa su legado por la educación técnica.
